Kei Kurono est un lycéen de Tokyo relativement cynique et égoïste. Un jour, en attendant son métro, il rencontre un ami d'enfance, Masaru Katô, qu'il avait perdu de vue et qui se trouvait par hasard à la gare. Il est alors poussé contre toute attente à faire un geste héroïque : sauver un clochard ivre tombé sur les voies. Mais ce sauvetage ne se déroule pas parfaitement, et Kurono et Katô meurent écrasés.

Ils se retrouvent alors mystérieusement dans une pièce d'appartement avec vue sur la Tour de Tokyo, au centre de laquelle se trouve une étrange sphère noire répondant au nom de Gantz. Ils ne sont pas seuls dans cette salle et se poseront de nombreuses questions : Sont-ils morts ? Participent-ils à l'un de ces jeux télévisés à la mode plus communément appelés Télé réalité ? Ou bien même à une expérience top secrète menée par l'armée ?

Les protagonistes ne cesseront de s'interroger sur ce lieu, sur leur situation, et le sens de ce qui leur arrive, puisqu'ils devront mener d'étranges « missions » toutes plus dangereuses les unes que les autres.